Mackenzie is in 1764 in Luskentyre-huis in Stornoway op Lewis, een van die eilande van die [[Buite-Hebride]] noord van Skotland.<ref>[http://www.stornowayhistoricalsociety.org.uk/more-feature-articles/58-amackenzie.html ''Stornoway Historical Society'']</ref><ref>[http://www.britannica.com/EBchecked/topic/354833/Sir-Alexander-Mackenzie ''Encyclopedia Britannica: Sir Alexander Mackenzie'']</ref> Hy was die derde van vier kinders wat vir Kenneth 'Corc' Mackenzie ([[1731]]-[[1780]]), 'n handelaar en landeienaar wat op die plaas Melbost geboer het, en sy vrou Isabella MacIver gebore is. Kenneth Mackenzie was slegs veertien jaar oud toe hy as vaandrig gedien het om Stornoway tydens die Jakobiete-opstand in [[1745]] te beskerm.
Die 1770's was 'n moeilike ekonomiese tyd op Lewis-eiland. Ná die afsterwe van sy moedervrou in [[1774]] het Kenneth Mackenzie nabesluit om by sy broer John in [[New York Stad|New York]] geseilaan waarte sluit. Kenneth het sy vadertwee susters en 'nsy oom,seun JohnAlexander Mackenziesaamgeneem op sy seereis na Noord-Amerika, destydsmaar geblysy twee dogters in Skotland agtergelaat. Alexander se ouer broer Murdoch het destyds [[geneeskunde]] gestudeer en is volgens 'n familierekord later naby die kus van Halifax ter see vermis.
Net Gedurendemaande ná die Mackenzie-gesin se aankoms in New York het die [[Amerikaanse Onafhanklikheidsoorlog]] hetuitgebreek. Kenneth en John Mackenzie het hul militêre diens hervat en as luitenante by die ''King's Royal Regiment'' te New York aangesluit. Die jonger Mackenzie is in [[1778]] te midde van oorlogswoelinge na die veilige [[Montreal]] gestuur. In [[1779]], een jaar voordat sy pa by Carleton-eiland skielik oorlede is, het Alexander Mackenzie daarin geslaag om deur ''Finlay, Gregory & Co.'', een van die invloedrykste pelshandelsondernemings in Montreal wat later deur Archibald Norman McLeod bestuur sou word, as leerjonge in diens geneem te word. In [[1787]] het die onderneming met een van sy mededingers, ''North West Company'', saamgesmelt.
