Die [[Suid-Afrikaanse Akademie vir Wetenskap en Kuns]] ken in 1965 die [[Stalsprys|Stalsprys vir KultuurgeskiedenisGeesteswetenskappe]] in kultuurgeskiedenis aan haar toe vir die boek ''Simon van der Stel en sy kinders''. Ook ontvang sy ‘n erepenning van die Stigting Jan van Riebeeck, ‘n oorkonde van die Stigting Simon van der Stel en die H. Recht Malanprys. Twee eredoktorsgrade word aan haar toegeken, naamlik deur die [[Noordwes-Universiteit|Potchefstroomse Universiteit vir C.H.O.]] en die [[Universiteit van Stellenbosch]], en die [[Universiteit van Wes-Kaapland]] stel haar aan as ere-professor. Jaarliks vind in Kaapstad die Anna Böeseken-gedenklesing plaas.
