Klopper was vanaf 1951 tot 1953 as Leër Stafhoof, as inspekteur-generaal van 1953 tot 1956, en as bevelvoerder van die Unie se weermag van 1956 tot 1958, aangestel.
Alhoewel dit nooit amptelik bevestig is nie, was Klopper in 'n historiese konfrontasie gehad met generaal Erwin Rommel tydens die Tweede Wêreldoorlog na sy oorgawe na die Slag van Tobroek. In die konfrontasie net na die oorgawe het Klopper volgens die wense van sy ondergeskikte Suid-Afrikaanse offisiere geëis dat Rommel die blanke van swart krygsgevangenisse moet skei en dat hulle in verskillende afdelings van die gevangeniskamp aangehou moet word. Rommel se antwoord was kort: "Vir my is alle soldate gelyk. Die swartes dra jou uniform, hulle het aan jou kant geveg en jy sal in dieselfde kamp aangehou word."<ref name=Leiers>{{cite journal|last1=Nöthling|first1=C.J.|last2=Meyers|first2=E.M.|title=LEIERS DEUR DIE JARE (1912–1982)|journal=Scientia Militaria – South African Journal of Military Studies|date=1982|volume=12|issue=2|doi=10.5787/12-2-631|url=http://scientiamilitaria.journals.ac.za/pub/article/view/631|issn=2224-0020|language=Afrikaans|format=Online|accessdate=2 January 2015|pages=89–98}}</ref>{{Rp|94}}<ref>{{cite web|last1=Englebrecht|first1=Leon|title=Fact file: Chiefs of the SA Army|url=http://www.defenceweb.co.za/index.php?option=com_content&view=article&id=667&catid=50:Land&Itemid=105|website=DefenceWeb.co.za|publisher=DefenceWeb|accessdate=3 October 2014|date=10 November 2008}}</ref>
