Mishima word gebore in die voorstad Yotsuya<ref>TeenwoordigTeenswoordig 'n onderdeel van [[Shinjuku]].</ref> in Tokio, as seun van van Azusa Hiraoka, onderdirekteur van die Ministerie van Visserye in die Ministerie van Landbou, en Shizue Hara. Toe hy maar pas vyf dae oud was word hy deur sy grootmoeder, Natsu Nagai, weggeneem by sy ouers. Nagai was oorspronklik afkomstig uit 'n familie van ''Bushi'' (haar grootvader was Matsudaira Yoritaka). Die jongeling kom selde buite, en neem nie deel aan sport nie maar ontwikkel wel 'n voorliefde vir literatuur, in die besonder vir [[Kabuki]]-teater. Nagai het gehoop dat deur die jong Mishima op te voed met tradisionele adellike waardes, die waardes sou voortleef in hom. Mishima se biograaf, Henry Scott-Stokes, skryf na haar dood oor Nagai: “Haar invloed op haar kleinseun was groot gewees. Sy het hom grootgemaak soos 'n Japanse meisie, maar sy het hom ook ook fierheid geleer en hom die samoerai-gees van haar voorouers ingeprent”.<ref>Henry Scott-Stokes, ''The Life and Death of Yukio Mishima'' (2000 Cooper Square Press). </ref>
Toe hy 12 was, keer Mishima terug na sy ouers. Sy vader Azusa Hiraoka, 'n amptenaar, vind die letterkundige belangstellings van sy seun as vroulik en onderskep dikwels manuskripte uit sy kamer. Toe Mishima op 16-jarige leeftyd sy eerste boek, ''Hanazakari no Mori'' (''Het bloeiende woud''), publiseer, raai sy leermeesters hom aan om dit onder 'n skuilnaam te doen, en sodoende word 'Yukio Mishima' gebore. Die verhaal verskyn oorspronklik in aflewerings in die literêre tydskrif ''Bungei Bunka'', soos destyds die gewoonte was in Japan.
